Mainhausen ist jung, es entstand erst 1977 durch den Zusammenschluss der Dörfer Zellhausen und Mainflingen. Mainhausen ist alt, denn seine Ortsteile haben eine weit zurückreichende Geschichte. Der Ortsteil Mainflingen, beispielsweise, wird bereits in einer Urkunde aus dem Jahr 775 erwähnt. In dieser und in weiteren Urkunden aus 793, 796 und 799 wird bestätigt, dass Bürger der Gemeinde "Manolfingen" Äcker und Wiesen dem Kloster Lorsch vermachten.

Mainflingens Entwicklung hat der Fluss bestimmt. Lange galt es als ein Schifferdorf. In den Schifferfamilien vererbte sich der Beruf durch Generationen hindurch. Befördert haben sie unter anderem, was der Main in den wechselnden Läufen seiner Geschichte herangeschafft und abgelagert hat: Sand, Kies und Ton. Am Ufer erinnert ein Denkmal mit Schifffahrts-Utensilien an diese Tradition. Es steht nahe an einer Fußgängerbrücke, die über den Main hinweg die Bundesländer Bayern und Hessen verbindet. Die Brücke ersetzte 1989 einen Fährbetrieb. Zu erwähnen ist in diesem Zusammenhang auch noch eine historische Brücke. Es ist die Grasbrücke in der Nähe der Waldrand-Siedlung. Sie überbrückte zwar nur einen Graben, genoss in alter Zeit jedoch enorme Bedeutung, weil sie von den Geleitszügen der Augsburger und Nürnberger Kaufleute zur Frankfurter Messe genutzt worden ist.